下面从市场、企业和政府这三个不断深入的改革层面来具体说明运用现代经济学分析中国改革的有用性和必要性。第一个例子是市场作为资源配置机制的问题，它是改革中“计划”与“市场”之争中的基本问题。现代经济学的一般均衡理论是关于市场价格作为资源配置机制的最基本的理论参照系。这一理论让我们理解为什么不受管制的价格反映商品的稀缺程度并在市场经济中起到调节供需的作用，以及在什么情况下个人的自利经济行为通过没有政府干预的市场可以达到社会的经济效率。它对于以市场取代计划，让市场在资源配置中起作用具有根本的理论意义。无论是评估以往改革的路径和目前的改革措施，还是提出新的政策性建议，凡是探讨资源配置问题，这一理论都是讨论的基础。我国在50年代中期的改革尝试，由于缺乏对市场在资源配置上的作用的认知，单纯强调行政性放权，结果导致改革尝试的失败。到了80年代，一般均衡理论被介绍到中国，市场价格和市场机制在资源配置中的核心作用逐渐成为中国经济改革者们关注的焦点。但是，即使在市场经济的改革方向已经确立之后的今天，各种扭曲价格、限制竞争、抑制市场在资源配置中起作用的政府政策仍然层出不穷。诊断这些政策的后果、提出改进的方法，都离不开基于一般均衡理论的分析。这一例子说明了现代经济学中那些看上去尽管很抽象和不现实的理论参照系，在研究中国的改革时却具有重要的实用价值。
    第二个例子是90年代成为中国深层次改革热点问题的企业问题。一般均衡理论是关于价格的理论，不是关于企业的理论。70年代以来，特别是80年代和90年代，随着博弈论、信息经济学、合同理论的发展，现代经济学对企业的产权、所有权和治理结构问题的研究有了突破。现代的企业理论以激励问题为出发点展开对企业内部经理层、大小股东和其他利益相关者之间的利益冲突和调节机制的分析，而基于这一理论的实证研究发现了很多现实中的公司治理结构的规律。这些现代经济学中正在蓬勃发展的理论和实证结果以及分析方法在80年代末、90年代被及时地介绍到中国，对于研究中国的企业改革非常有用，至少表现在两方面。一方面，中国的企业改革方向是同发达经济中的现代公司模式接轨，所以现代经济学对发达经济中公司的研究有助于在比较中发现中国企业改革中的问题，并提出具有远见的政策性建议。另一方面，考虑到转轨中的企业与成熟市场经济中的企业在自身特性和所处环境上的重大差别，而这些差别又不易在短期内消除，已有企业理论中的现成结论便不可直接套用了。但是其中的分析工具仍然有用，因为它们抓住了具有一般性的企业问题的本质。运用这些工具，对已有的模型作出修改，加入特殊的历史和制度因素（比如企业所有者不全是私人，产权的安全性得不到保障，合同和法律无法被有效率地和公正地执行），就会得出既符合中国现实又有分析深度的结果。这样就可把对转轨中的企业的研究提到一个新的高度，并对症提出符合中国国情的政策性建议。这一例子说明了现代经济学中那些关于成熟市场经济的研究结果，对研究中国的改革或可被直接应用，或可被修改和发展后运用。
    第三个例子是转轨过程中政府的行为及对经济影响的问题。这是较前两例?D?D市场和企业?D?D更为深层次的问题，因为政府的行为对市场功能的发挥和企业活力的展现都有着基本的（正面或负面的）影响。不同于前两例的是，现代经济学对政府的经济行为的研究相对有限，远不如对市场的资源分配和企业问题的研究那样深入和成熟。根本原因是发达的市场经济以法治为基础，政府的任意行为受到法律约束，使得它不易侵犯产权和限制企业的自由组建和发展，而政府的主要经济职责是提供公共品，如基础教育和公共卫生服务。而转轨经济和发展中经济的情况非常不同：通过建立法治来约束政府行为往往需要较长的时间才能实现。在完善法治之前，政府的行为，特别是地方政府的行为，对经济影响最大和最突出的方面还不在于提供传统的公共品，而在于政府对待本地新兴非国有企业的行为是“养鸡生蛋”还是 “杀鸡取卵”，这往往决定了某地经济活力的程度。哪些因素决定地方政府的行为并进而决定地方经济的衰盛无疑是转轨经济提出的新问题，而现代经济学并没有现成的答案。但是，现代经济学提供了有用的视角，即地方政府官员同其他经济人一样其行为与所提供的激励紧密相关。同时，现代经济学在研究其他问题时发展出来的分析工具可以被借用，比如，研究企业组织内部管理中的集权、分权利弊的模型可以被用来研究政府组织内部**与地方政府权力配置关系，以及它如何影响地方政府的激励和行为这一问题。因此，我们可以运用现代经济学的分析框架来评估地方政府行为的变化并进而解释在转轨过程中各地甚至各国经济表现的不同。
   用这样的方法可以深入研究中国在80年代实行的**向地方放权和财政包干制对地方政府行为和它们所管辖的地方经济的影响。一方面，众所周知，财政包干制加剧地方保护主义，伴随**财政收入下降等问题。但另一方面，它给于地方政府很高的边际财政留成率。实证研究发现，在实行财政包干制期间，地方政府的边际财政留成率越高，其财政激励就越高，它们的自身利益与本地的经济繁荣就越紧密地结合在一起，它们表现出更愿意帮助和支持而不是阻止和扼杀本地有活力的非国有经济，结果本地的非国有经济发展越快。这与90年代俄国的情况形成鲜明对比。由于俄国的地方政府的财税收入与本地的经济发展几乎不挂钩，地方政府没有财政激励发展本地区经济，相反却不断骚扰、掠夺新兴的私有经济。俄国地方政府的这一行为被认为是阻碍新兴私有经济发展的重要原因。