新方案明确赋予导师在招生、培养、科研等方面更大的自主权。在研究生招生资源配置上，名额向承担国家重大课题的导师，新引进的优秀科研人才和有科研活力的导师等倾斜；原则上每位博士生导师每年最多招收两名博士生，但累计在校博士生人数不超过8人。

据介绍，新的培养方案还将根据导师资助力度及研究水平和研究经费、科研项目的级别和重要性、研究生的评价及近年研究生报考情况和已培养研究生的质量（科研成果、学位论文等）等配置其招生名额，同时在此基础上确定各院系的奖助学金的额度；从生源选拔入手，使真正具有科研潜力和创新潜质的优秀生源脱颖而出；扩大硕士生复试差额比例，加大复试力度；完善免试生选拔机制；博士生逐步过渡为“申请—考核制”并最终实行“申请制”。

此外，新方案还规定，学校将实施以学分制为核心的硕士2~3年、博士4年为主的弹性学制，基础学科以5年制硕博连读和直博生为主；建立博士生资格考试制度，并将考核结果作为是否继续进入下一阶段学业的资格认定；实施对博士生的年度科研考核制度，并将考核结果作为博士生申请下一学年奖助学金的主要依据；在培养过程中注重特色培养，鼓励设置交叉学科的研究方向，鼓励建设交叉学科的研究团队，鼓励探索交叉学科的学位授予标准；建立健全国内外访学制度，实施研究生教育国际化战略，包括公派出国攻读博士学位、与国外著名大学联合培养博士研究生、资助研究生出国参加国际学术会议等多种方式；规范并加强研究生学位论文双盲评审和抽检评估工作。