建立政府资金集中结算制度，按照政府资金的具体分配权在财政、具体使用权在预算使用单位、具体监督权在市政府资金结算中心“三权分离”的原-则，建立和完善了政府资金管理新机制。结算中心对部门单位每笔支出及时进行审核，实现事前、事中、事后的全过程监督；部门单位的财务核算形式发生了深刻的变化。这种新机制对经-济责任审计来说，是一个紧迫而又现实的问题，是挑战也是机遇。审计机关必须认真对待，不断研究新办法，解决新课题。
　　一、突破传统财务审计模式，向业务管理工作拓展。针对政府实行资金结算中心统一核算的新情况，经-济责任审计工作要突破传统财务审计模式，突出对领导干部经-济决策能力和经-营管理能力的检查评价的审计理念和将审计内容由财务管理工作拓展到业务管理工作，并按照业务工作主线和工作职能的脉络进行审计的审计方法。从部门单位业务管理入手开展审计，就是从检查部门单位的经-济职责履行情况入手，反映部门单位在经-济执法、业务管理工作中存在的管理不到位或越权越位情况，从而评价被审计领导干部的经-济责任履行情况。这种做法需要更多的懂经-营会管理多技能的复合型审计人员，需要审计部门加大培训力度。
　　二、突破会计资料的完整性、合规性审计模式，向业务活动的真实性拓展。从已实行会计集中核算多年的地区反映的问题看，会计结算中心很难判断各单位的业务活动的真实性，致使个别单位开具虚假发票套取资金或部分收入不入账实行体外循-环。审计部门应在这方面加大审计力度。在对单位业务活动真实性审计的过程中，审计组需要加大被审计单位业务活动的真实性延伸审计和实地调查的力度，通过延伸审计跟踪经-济业务活动的全过程，再辅以召开座谈会和个别谈话等审计方式效果会更好。
　　三、突破财务收支的合规、合法性审计模式，向绩效性审计拓展。随着政府结算中心的建立，政府资金“分配权、使用权、监督权”的三权分离制度得以建立，财政、财务收支的违纪、违规问题逐步减少是大趋势。审计机关要顺应这种趋势及时调整经-济责任审计工作思路。经-济责任审计关注的是领导干部的决策能力、管理水平、经-营水平、执行国家政策能力和廉洁自律，从上述内容看，经-济责任审计内容向经-济性、效率性、效果性拓展实属必然。在目前情况下，部门单位领导干部经-济责任审计的绩效性审计，一是应重点关注专项资金的管理、使用的效率和效果。揭示专项资金滞留、被挤占、挪用或管理不善造成损失浪费问题。二是关注经-济活动决策的程序和效果。大额资金的支出和重要经-济决策事项是否履行了民主决策程序，揭示因决策不当造成的损失浪费问题。三是开展专题支出分析，每年选择几个专项支出进行横向、纵向分析，分析支出结构及其差异性，揭示其存在的支出不合理和效益不高的问题。
　　四、突破对单一部门单位的经-济责任审计模式，将经-济责任审计向系统性行业性审计拓展。在政府资金统一核算的体制框架下，被审计部门单位领导干部所在单位的违纪违规问题大幅度减少，但是违纪违规问题的“下沉”同样客观存在，且渐成为一种趋势。经-济责任审计向系统性和行业性审计拓展，受领导干部管理权限的制约是有条件的，以市直为例，受市委组织部委托可安排系统、行业审计的有：公安、检察、法院、工商、技术监督、食品卫生监督、气象等。对这些系统、行业的审计可采取一次性委托、上级审计部门授权下级审计机关同时实施审计的方法。上级审计机关通过制定统一的审计工作方案，对审计目标、程序、范围、内容、时间要求、廉政纪律等提出要求，下级审计机关分头实施的方法，各县（市）区之间也可以采取交叉审计的方法。实践证明，开展整个系统领导干部任中经-济责任审计，有利于及时发现和纠正一些带有普遍性的问题，有利于进一步提高审计质量、降低审计风险，有利于更加客观公正地评价领导干部，把整个系统的领导干部置于相同的时间和空间，按相同的标准去衡量经-济责任所得出的审计结论，对组织部门评价和使用干部更具参考价值。