关税配额管理属限制进口，实行关税配额证管理。对外贸易经营者经国家批准取得关税配额证后允许按照关税配额税率征税进口，如超出限额则按照配额外税率征税进口。

　　2011年我国实施进口关税配额管理的农产品有小麦、稻谷和大米、玉米、棉花、食糖、羊毛及毛条；实施进口关税配额管理的工业品有尿素、磷酸氢二铵、复合肥等3种农用肥料。

　　(一)实施关税配额管理的农产品

　　1．农产品进口关税配额为全球关税配额，其国家主管部门为商务部及国家发展改革委，所有贸易方式进口上述农产品均列人关税配额管理范围。海关凭商务部、国家发展改革委各自授权机构向最终用户发放的，并加盖“商务部农产品进口关税配额证专用章”或“国家发展和改革委员会农产品进口关税配额证专用章”的“农产品进口关税配额证”办理验放手续。其中，以加工贸易方式进口上述农产品，海关凭企业提交的在“贸易方式”栏目中注明“加工贸易”的进口关税配额证办理通关验放手续。由境外进入保税仓库、保税区、出口加工区的上述农产品，无须提交“农产品进口关税配额证”，海关按现行规定验放并实施监管。从保税仓库、保税区、出口加工区出库或出区进口的关税配额农产品，企业持进口关税配额证向海关办理进口手续。

　　2．“农产品进口关税配额证”实行“一证多批”制，即最终用户需分多批进口的，凭“农产品进口关税配额证”可多次办理通关手续，直至海关核注栏填满为止。“农产品进口关税配额证”有效期为每年l月1日至当年l2月31日，如需要延期，应向原发证机构申请办理换证，但延期最迟不得超过下一年2月底。进口关税配额证证面内容不得更改，如需更改，应到发证部门换发新证。

　　3．农产品进口关税配额的申请期为每年10月15日至30日(凭合同先来先领分配方式除外)。商务部、国家发展改革委分别于申请期前1个月在《国际商报》、《中国经济导报》以及商务部和国家发展改革委网站上公布每种农产品下一年度进口关税配额总量、关税配额申请条件及国务院关税税则委员会确定的关税配额农产品税则号列和适用税率。其中食糖、羊毛、毛条由商务部公布并由商务部授权机构负责受理本地区内申请；小麦、玉米、大米、棉花由国家发展改革委公布并由国家发展改革委授权机构负责受理本地区内的申请。

　　4．农产品进口关税配额的分配是根据申请者的申请数量和以往进口实绩、生产能力、其他相关商业标准或根据先来先领的方式进行分配。分配的最小数量将以每种农产品商业上可行的装运量确定。每年1月1日前，商务部、国家发展改革委通过各自授权机构向最终用户发放“农产品进口关税配额证”，并加盖“商务部农产品进口关税配额证专用章”或“国家发展和改革委员会农产品进口关税配额证专用章”。

　　(二)实施关税配额管理的工业品 

　　1．化肥进口关税配额为全球配额，商务部负责全国化肥关税配额管理工作。商务部的化肥进口关税配额管理机构负责管辖范围内化肥进口关税配额的发证、统计、咨询和其他授权工作。关税配额内化肥进口时，海关凭进口单位提交的“化肥进口关税配额证明”，按配额内税率征税，并验放货物。

　　2．商务部负责在化肥进口关税配额总量内，根据国民经济综合平衡及资源合理配置的要求，对化肥进口关税配额进行分配。凡在中华人民共和国工商行政管理部门登记注册的企业(以下简称申请单位)，在其经营范围内均可向所在地区的授权机构申请化肥进口关税配额。商务部于每年的9月15日至10月14日公布下一年度的关税配额数量。申请单位应当在每年的l0月15日至l0月30日向商务部提出化肥关税配额的申请。商务部根据各地区生产和市场需求，并参考申请单位以往的进口实绩(申请单位的生产能力、经营规模、销售状况)、以往分配的配额是否得到充分使用、新的进口经营者的申请情况、申请配额的数量情况等因素，于每年12月31日前将化肥关税配额分配到进口用户。a