电子商务主要的安全技术有：
1．虚拟专用网（VPN）
这是用于Internet交易的一种专用网络，它可以在两个系统之间建立安全的信道（或隧道），用于电子数据交换（EDI）。它与信用卡交易和客户发送订单交易不同，因为在VPN中，双方的数据通信量要大得多，而且通信的双方彼此都很熟悉。这意味着可以使用复杂的专用加密和认证技术，只要通信的双方默认即可，没有必要为所有的VPN进行统一的加密和认证。现有的或正在开发的数据隧道系统可以进一步增加VPN的安全性，因而能够保证数据的保密性和可用性。
2．数字认证
数字认证可用电子方式证明信息发送者和接收者的身份、文件的完整性（如一个发票未被修改过），甚至数据媒体的有效性（如录音、照片等）。随着商家在电子商务中越来越多地使用加密技术，人们都希望有一个可信的第三方，以便对有关数据进行数字认证。
目前，数字认证一般都通过单向Hash函数来实现，它可以验证交易双方数据的完整性，Java JDK1.1也能够支持几种单向Hash算法。另外，S/MIME协议已经有了很大的进展，可以被集成到产品中，以便用户能够对通过Email发送的信息进行签名和认证。同时，商家也可以使用PGP（Pretty Good Privacy）技术，它允许利用可信的第三方对密钥进行控制。可见，数字认证技术将具有广阔的应用前景，它将直接影响电子商务的发展。