建设项目需要配套建设的环境保护设施未建成、未经验收或者经验收不合格，主体工程正式投人生产或者使用的，由审批环评文件的环保部门责令停止生产或者使用，可以处10万元以下的罚款。

 

　　案例3.7

 

　　2008年l2月某铁路客运专线全线贯通，2009年10月经某省环保厅同意投入试运行，但试运行期间其配套建设的环保设施一直未申请环境保护部验收。2010年11月，环境保护部向该客运专线运行公司发出“改正违法行为决定书”，要求该工程必须在2011年3月底之前通过环保验收，否则将责令该客运专线停止使用。该客运专线运行公司认为，该工程是连接京沪铁路的繁忙干线，一旦停止使用、中断运输，将给国家社会、经济、国防造成重大损失，旅客出行受阻影响社会稳定。因此拒绝执行环境保护部发出的改正违法行为决定书。

 

　　讨论：本案应当如何处理？