随着指数基金数量和品种的增加，市场上可以选择的指数基金也越来越多。目前共有22只指数基金，仅跟踪沪深300的指数基金就达到8家。投资者在投资指数基金时，常有不知从何选择之感，而选指数基金与选主动投资的基金的确有不同：
　　第一，选择一个合适的指数是关键。因为指数基金的投资目标就是获取标的指数的收益率，从这个角度上说，投资指数基金就是投资指数。对于大部分想通过指数基金进行长期投资（比如定投）的投资者，选择一个代表性强、可投资性强的主流指数就至关重要。
　　传统的指数主要是单市场指数和跨市场指数。单市场指数包括上证50指数、上证180指数、深证100指数等，这类指数分别代表上海市场和深圳市场。跨市场指数包括沪深300指数、中证500指数、中证100指数等，成份股包含两大交易所的代表性股票，反映中国整体证券市场的价格变动概貌和运行状况。其中，沪深300指数目前最受市场关注。
　　第二，低费率。“股神”巴菲特曾说：“成本低廉的指数基金也许是过去35年最能帮投资者赚钱的工具。”
　　由于基金的管理费和托管费是按照基金资产每日计提的，投资者感受并不明显。一般主动式管理基金的管理费为1.5%，托管费为0.25%，而国内指数基金的管理费率介于0.5%-1.3%之间，托管费率则在0.1%-0.25%之间。以嘉实沪深300为例，管理费加托管费为0.6%。投资者在选择指数基金前，应该事先阅读基金合同及招募说明书以了解产品特性和费率水平。
　　第三，跟踪误差越小越好。投资者投资指数基金时，大都希望指数基金能完全复制跟踪指数的业绩表现，才能达到短期波段操作或是长期资产配置的投资效果。因此，判断一个指数基金是否投资操作良好，并不是看这只指数基金的业绩有多突出，而是看这只指数基金跟踪指数的误差有多少。
　　第四，看交易成本和便利性。对于投资者来说，购买指数基金可以有两个渠道：一是通过自己的开户银行或者基金公司网站购买；二是通过股票账户在二级市场购买，后者仅限于购买在交易所上市的指数基金。在交易所上市的指数基金，由于基金买卖不需要印花税，仅需要交易佣金，单向交易成本最高不超过0.25％，成本节约的效果就更加显著了。