2001年12月11日，尉犁县土管局统一换发国有土地使用证，将陈其兴原持有的国有土地使用证尉国用（1997）字第163号使用面积232.5亩换发为尉国用（2001）字第1083号；尉国用（1997）字第153号使用面积468.4亩换发为尉国用（2001）字第1084号、尉国用（1997）字第154号使用面积159亩换发为尉国用（2001）字第1085号、尉国用（1997）字第155号使用面积194.6亩换发为尉国用（2001）字第1086号。
该五宗土地共计1573.5亩，除未开垦的2宗353.6亩，其余3宗1219.9亩均有陈其兴耕种棉花收益，棉花市场价格自2000年9月份开始上涨。
据记者调查，2000年12月5日，王新成开始向尉犁县土管局反映陈其兴将其1995年至1997年12月开垦的1200亩国有土地据为己有等问题。
2001年4月6日，尉犁县土管局尉土字（2001）14号处理决定认定：陈其兴1998年2月在我局办理822亩的国有土地使用证合法有效；王新成请求将1200亩国有土地变更到自己名下证据不足不予采纳。
同年11月12日，县政府尉政行决字（2001）001号行政决认定：1995年10月喀尔曲尕乡农经站与王新成签定的合同是陈其兴履行的，1996年12月陈其兴与王新成签定转让合同，根据土地开发合同，农经站自愿放弃土地使用权，同意陈其兴办理土地使用手续，陈其兴按“两清”要求向土管局申请办理822亩国有土地使用证。同意县土管局1998年2月给陈其兴办理822亩国有土地使用证合法有效。
王新成不服政府决定，向尉犁县人民法院提起行政诉讼，并上诉到巴州中级人民法院。一审尉犁县人民法院（2001）尉行初字第9号行政判决维持县政府（2001）第001号决定；二审巴州中级人民法院（2002）巴行终字第11号行政判决驳回王新成上诉。
一、二审法院审理查明：1995年10月25日，尉犁县喀尔曲尕乡农经站与王新成签订开垦荒地1000亩的土地承包合同。合同签订后，王新成1995年11月6日收到农经站投资款7万元、1996年元月又收到农经站投资款1万元。从1995年11月至1997年8月，王新成共开垦荒地1200亩，1997年9月王因有病将土地交给其姐夫陈其兴经营管理。1996年王新成种植所开的荒地650亩，未向农经站缴纳承包费，1997年9月以后一直由陈其兴种植。
1996年12月5日，王新成与陈其兴签订转让合同，内容为：“王新成将全部债权债务、资金及固定资产和土地承包经营权全部转让给陈其兴，陈给王8万元，此款1997年付清。”协议签订后，王于1997年9月将自己承包的1200亩土地及其它固定资产移交给陈。但陈未给王支付转让费8万元。
1998年12月1日，农经站与陈其兴又达成了一项转让协议，内容为：“陈其兴给农经站缴纳8万元及利息，农经站同意给陈其兴办理1000亩地的使用权证，原签合同终止。”该合同签订后，陈其兴给农经站交转让费用共计113209.51元，其中，农经站投入的开荒资金8万元，利息23132.5元，农药、柴油10077元。农经站同意将其合法持有1000亩国有土地使用权转让给陈其兴。
经尉犁县人民政府审批，尉犁县土管局于1997年12月31日给陈其兴办理了232.5亩国有土地使用权证；次年2月17日又给其办理了822亩国有土地使用权证。确认该国有土地的使用权为陈其兴所有。
2001年3月28日，尉犁县土管局又委托巴州土地勘测设计院对尉犁县喀尔曲尕乡阿瓦提村已开垦的1071亩土地进行了估价，总地价为92775元，每亩土地的价格为86.62元。
一审尉犁县法院认为：原告王新成所开垦土地1200亩是事实，也投了资。但没有完全履行合同约定的义务。因此，对原告王新成的诉讼请求，即要求撤销尉犁县人民政府尉政行决字（2001）第001号决定书证据不足，本院不予采纳，被告尉犁县人民政府对该案所作出的行政决定，经该院审判委员会讨论认为并无不当，故判决维持尉犁县人民政府2001年11月12日作出的尉政行决字（2001）第001号决定。
二审巴州中院认为：1995年10月尉犁县喀尔曲尕乡农经站合法取得了开荒1000亩国有土地使用权。同年10月25日，农经站与王新成签订了土地开发合同。该合同签订后，农经站先后投入了8万元，让王新成为其开垦荒地，并将开垦的荒地承包给其种植，至1997年后已开垦荒地1200亩，王新成1996年种植了650亩。1997年9月以后交由其姐夫陈其兴种植。1996年12月5日该土地承包人王新成与陈其兴签订了一份转让合同，该转让合同当时虽然未经尉犁县喀尔曲尕乡农经站同意而转让，但是1998年10月1日农经站与陈其兴协商签订了一份协议，农经站同意将合法取得的1000亩国有土地使用权转让给陈其兴，农经站的这一行为实际上是对王新成与陈其兴转让合同行为的一种追认。故两份转让合同均为有效合同。陈其兴经尉犁县人民政府审批，通过转让方式取得了1071亩国有土地的使用权证为合法有效。上诉人的上诉请求本院不予支持。故根据《中华人民共和国行政诉讼法》第61条第1项之规定，判决驳回上诉，维持原判。
终审判决生效后，王新成提出申诉，自治区高院指定巴州中院再审，该院再审认为，王新成承包开发了农经站具有使用权的国有土地，这是不争的事实。但后来王新成将承包权有偿转让给了陈其兴，而陈其兴又依据合同取得了使用权，且农经站亦认可。尉犁县人民政府根据已经形成的事实给陈其兴办理了土地使用权证，亦合情合理，无违法之处。故二审认定事实清楚，处理恰当。根据《中华人民共和国行政诉讼法》第63条第2款之规定，判决维持本院（2002）巴行终字第11号行政判决。
王新成仍不服巴州中院再审判决，再次向自治区高院申诉，2004年6月7日，自治区高院提审了该案。
自治区高院再审认为：本案是一起对尉犁县土管局和尉犁县政府作出的确定土地权属决定不服的行政诉讼案件。根据《中华人民共和国行政诉讼法》第5条规定：“人民法院审理行政案件，对具体行政行为是否合法进行审查。”而本案原一、二审及再审时审查的是王新成与陈其兴签订的转让合同及陈其兴与农经站签订的合同有效，从而认定尉犁县人民政府和尉犁县土管局的确权行为合法有效。这一审理方式违反了《中华人民共和国行政诉讼法》，况且陈其兴与农经站签订的合同是在陈其兴取得土地使用权证近一年才签订的，它不能作为认定行政行为合法的依据。因此原一、二审及再审程序违法，应予纠正。
根据国家土地管理局1989年11月18日颁布的《土地登记规则》第18条的规定，尉犁县土地管理局在对陈其兴提出的土地登记申请进行审核后，应将审核结果予以公告。本案中没有此证据。
王新成是对尉犁县土管局先后两次颁发给陈其兴的共1054.5亩土地使用权提出异议，而在尉犁县土管局和尉犁县政府所作出的“决定书”中只有对822亩土地的使用权是否合法作出了确认，对232.5亩的使用权是否合法未作任何认定，且在这两份“决定书”中均未适用任何法律或行政法规。
根据新疆维吾尔自治区实施《土地管理法》办法第15条第2款的规定，县级人民政府批准使用土地的权限是年开荒500亩以下的土地，因此尉犁县土地管理局和尉犁县人民政府确认822亩土地使用权合法有效是一种超越权限的行为。
综上所述尉犁县土地管理局和尉犁县人民政府所作出的具体行政行为审查事实不全面、适用法律不明确、程序违法，应予以纠正。申诉人申请再审的理由成立。根据《中华人民共和国行政诉讼法》第54条第（二）项、第61条第（三）项和最高人民法院《关于执行《中华人民共和国行政诉讼法》若干问题的解释》第76条的规定作出判决：撤销尉犁县人民法院作出的（2001）尉行初字第9号行政判决、巴州中级人民法院作出的（2002）巴行终字第11号行政判决和（2004）巴行再字第1号行政判决；撤销尉犁县土管局作出的尉土字（2001）14号关于王新成与陈其兴土地权属纠纷的处理决定和尉犁县人民政府尉政行决字［2001］第001号土地权属争议案件行政决定书；撤销尉犁县土地管理局颁发给陈其兴的土地使用权证书。
2004年10月8日，尉犁县政府尉行决字（2004）003号文件，《关于执行新疆维吾尔自治区高级人民法院（2004）新行再字第3号行政判决书的决定》撤销了尉犁县土管局颁发给陈其兴的土地使用权证书，并责令县土管部门负责查清争议土地权属，向县政府提出确权建议，有县政府依法确权。
陈其兴面对发生法律效力的高院（2004）新行再字第3号行政判决则认为：（1）法院行政判决认定王新成开垦1200亩是错误的，应属民事审理范畴。且认定依据仅是王新成单方的说法，因为王新成起诉尉犁县政府的行政诉讼案件法院未通知当事人陈其兴出庭答辩，所以认定不具有法律效力。（2）1997年是尉犁县第一次进行土地登记，初期没有公告，属于大部分县市共性的问题，并非尉犁一个县。（3）虽然新疆自治区规定县级人民政府批准使用土地的权限是500亩以下，但是822亩是三宗土地，即尉国用（1997）字第153号使用面积468.4亩、尉国用（1997）字第154号使用面积159亩、尉国用（1997）字第155号使用面积194.6亩的三份国有土地使用证，均未超过500亩，所以，以县政府越权审批为由撤销政府决定及一、二审、再审判决不妥。
法学专家意见：高院行政判决不代表争议双方实体权利的确认，县政府应该完善审批手续后恢复确权，经济纠纷另案处理。
一案土地两份判决不同认定合法性遭质疑
2005年3月18日，尉犁县人民政府尉政发（2005）37号文件同意根据《土地管理法》第76条规定，对王新成于1994、1995年期间未经审批，擅自开垦232.5亩土地的事实，认定为未经批准占用土地的违法行为；同意根据中发（1997）11号文件、新党发（1997）13号文件精神，对王新成的违法行为进行1000元的处罚后，予以确认土地使用权，办理相关手续。
陈其兴不服，认为该土地系本人与案外人孙玉胜合伙开垦后分得土地，已经获得国土局确权并一直耕种，再确权给他人显属不当，遂提起行政诉讼。2005年11月22日，尉犁县法院（2005）尉行初字第2号行政判决撤销了尉政发（2005）37号批复。
2005年3月31日，县政府尉政发（2005）24号文件：确定陈其兴对该宗822亩国有土地中已开发并一直种植的468.4亩和另一宗519亩国有土地的种植部分（以县国土资源部门实际测量土地亩数为准），依法确权给陈其兴，并由其补办开发审批手续。对于159亩的宗地、194.6亩的宗地和519亩宗地未种植部分（以县国土资源部门实际测量土地亩数为准），不再确权，依法收回。
王新成不服遂提起行政诉讼，该决定被巴州中院和自治区高院（2007）新行终字第11号行政判决撤销。
二审自治区高院认为：对土地资源依法实行严格的行政管理，即是维护国家利益，也是保护行政相对人的合法权益。行政机关在进行土地确权时，应在查明事实的基础上，严格依法行政。王新成1995年10月25日与尉犁县喀尔曲尕乡农经站签订的土地开荒合同，是双方自愿意思表示，这一合同已实际履行。1996年12月5日，王新成与陈其兴签订的土地转让合同，是在未征得农经站的同意下的单方行为，违反了合同签订要件，因此该合同无效，且该合同也未实际履行。陈其兴与农经站1998年12月达成的协议是在陈其兴取得该土地使用权证一年之后。因此，该协议不具有证明效力。尉犁县人民政府2005年3月31日作出的尉政发（2005）24号关于对王新成与陈其兴土地纠纷确权的决定具体行政行为事实不清，证据不足。上诉人的上诉理由本院不予支持。原审法院认定事实清楚，程序合法，适用法律正确。依据《中华人民共和国行政诉讼法》第61条第1项的规定判决：驳回上诉，维持原判。
2008年3月17日，县政府下发尉政发（2008）20号文件：撤销尉政发（2005）37号，并撤销王新成国有土地使用证尉国用2005（091）号； 撤销尉政发（2005）24号，并撤销陈其兴国有土地使用证；限30日内交回土地使用证及土地使用合同，重新申请土地登记。
陈其兴认为，自治区高院（2004）新行再字第3号行政判决和自治区高院（2007）新行终字第11号行政判决自相矛盾，11号终审行政判决，违反《中华人民共和国行政诉讼法》第五条“人民法院审理行政案件，对具体行政行为是否合法进行审查”的规定。
自治区高院（2004）新行再字第3号行政判决认为，本案是一起对尉犁县人民政府作出的确定土地权属决定不服的行政诉讼案件。根据《中华人民共和国行政诉讼法》第5条规定：“人民法院审理行政案件，对具体行政行为是否合法进行审查。”而本案原一、二审及再审时审查的是王新成与陈其兴签订的转让合同及陈其兴与农经站签订的合同有效，从而认定尉犁县人民政府的确权行为合法有效。这一审理方式违反了《中华人民共和国行政诉讼法》，因此原一、二审及再审程序违法，应予纠正。
而自治区高院（2007）新行终字第11号行政判决则这样认为：王新成1995年10月25日与尉犁县喀尔曲尕乡农经站签订的土地开荒合同，是双方自愿意思表示，这一合同已实际履行。1996年12月5日，王新成与陈其兴签订的土地转让合同，是在未征得农经站的同意下的单方行为，违反了合同签订要件，因此该合同无效，且该合同也未实际履行。陈其兴与农经站1998年12月达成的协议是在陈其兴取得该土地使用权证一年之后。因此，该协议不具有证明效力。尉犁县人民政府2005年3月31日作出的尉政发（2005）24号《关于对王新成与陈其兴土地纠纷确权的决定》具体行政行为事实不清，证据不足。
同是一案涉及的土地，同是出自自治区高院的两份行政判决，而自治区高院（2007）新行终字第11号行政判决，以民事审判的方式审查王新成与陈其兴签订的转让合同及陈其兴与农经站签订的合同是否有效，从而认定尉犁县政府的确权违法。违反《行政诉讼法》第5条“人民法院审理行政案件，对具体行政行为是否合法进行审查。”的规定。所以，质疑自治区高院（2007）新行终字第11号行政判决涉嫌枉法裁判。
同时还认为，判决认定王新成投资50万元，缺乏证据，亦应属民事审理范畴。2001年3月28日，尉犁县土地管理局委托巴州土地勘测设计院对尉犁县喀尔曲尕乡阿瓦提村已开垦的1071亩土地进行的估价，总地价仅为92775元，每亩土地的价格为86.62元。如果真是投资50万元的话，1996年12月5日的转让合同，王新成会自愿8万元转让给陈其兴？
法学专家认为，自治区高院终审行政判决程序违法应予撤销。
县政府确权350亩国家公益林为耕地该不该问责
据记者调查，2008年8月28日，尉犁县政府依据2008年7月14日的政府会议纪要为王新成办理了829亩国有土地使用证。土地证签发时间为2008年8月28日，批准时间为2008年9月2日，发证在前审批在后。据陈其兴讲，该829亩土地其中353.6亩为新疆塔里木胡杨国家级自然保护区34号林班的国家公益林。
陈其兴获悉尉犁县政府给王新成颁发了尉国用［2008］字第362号使用面积为829亩的国有土地使用证。不服县政府的行政行为，即向巴州行政复议机关申请复议，巴政复决字（2008）23号行政复议决定书认定结果为：
陈其兴称：县政府在没有生效的土地登记依据的情况下，超越行政职权，违反相关规定，将陈其兴与王新成争议的土地给王新成颁发了使用面积为829亩的国有土地使用证，超越审批权限，《新疆维吾尔自治区实施《土地管理法》办法》第十五条规定，县级人民政府的审批权限只有500亩，尉国用［2008］字第362号《国有土地使用证》却一次性给王新成确权829亩，属于确权程序违法。
