1、金融资产评估方法标准体系不健全。以前评估机构所做的评估业务主要是工商企业资产重组、产权变动方面的评估，金融资产的资产状况与工商企业有很大不同，金融资产的处置方法和要求与工商企业也不一样，因而，金融资产评估的前提条件和要求与工商企业也不会一样，原来评估机构熟悉的评估操作方法不一定完全适合金融资产评估。
　　2、政府部门干预严重。政府部门的干预主要体现在以下三个方面：（1）时间干预。政府部门往往要求评估机构在较短的时间内完成评估报告，但由于金融资产结构复杂，时间太短，很难做出高水平的评估。（2）收费干预。政府部门往往规定评估机构收费不得高于一定标准，而这个标准远低于正常的收费标准。收费标准过低，是很难保证评估质量的。（3）评估值干预。评估机构在进行评估之前，政府部门往往就对评估值提出具体要求，要求不能低于或高于某一数额。实际上，政府部门的这些干预在评估机构做工商企业的评估时也存在，给评估机构独立、客观、公正执业带来很大困难，如果把这些干预带到金融资产评估中去，造成的不利影响将更为严重。
　　3、评估行业与金融部门缺乏沟通。由于彼此之间缺乏了解，缺乏相应的知识，在选择工作方法和制定政策的时候，可能会出现不衔接甚至磨擦扯皮的情况，这无论对评估行业还是对金融部门，都是不利的。
　　4、现行评估管理制度，现行产权交易方面的某些规定可能对金融资产评估产生不利影响。根据现行规定，产权交易价一般不得低于经确认的评估价值的10％。评估价是一种中介咨询价，是在一系列假设条件下得出的公允市场价值，而实际交易往往受到种种条件的限制，实际交易的情形与假设条件不完全一致，所以评估价与实际价值存在一定偏差是正常的，在很多情况下，偏差超过10％也是正常的，如果非坚持交易价不得低于经确认的评估价的10％，则不仅会给评估机构和评估师带来很大压力，而且还会给金融资产处置带来很大困难。