在干部人事制度改革中，突出“一个宗旨”、“两个调整”、“三个转变”、“四个有利于”的原则，通过单项改革、综合试点、全面推行等方式，对新组建的中心从机关开始干部人事制度改革。管理处室设置由原预科院的27个精简为15个，机关职能部门行政领导干部28个正副职职位在疾控中心所属单位及北京地区卫生机构公开招聘，同时，在全国范围内公开招聘所属病毒病预防控制所等8个二级单位的23个正副职行政领导干部职位。在聘用制的基础上，对人员实行分类分级管理。

　　一、党政领导干部。行政领导采取公开竞聘、委任等方式选拔，公开竞聘按书面申请、答辩演讲、群众评议等环节进行，答辩演讲由评聘委员会与单位职工代表或全体职工按同一标准评分，按1：1的比例计算最后得分，按评分多少确定任职候选人。党组织负责人则先由群众推荐，然后根据工作需要和班子整体结构提出拟候选人，在对候选人进行考核和任前公示7个工作日后，进行聘任和委任。

　　二、专业技术人员。实行专业技术职务聘用制，专业技术岗位设置首席专家岗和关键岗（分3等）、骨干岗（分3等）、基础岗（分3等）和普通岗5类，专业技术人员实行技术资格评审和岗位聘任分开。单位公布各专业岗位设置情况和岗位职责，职工可根据自己的能力和需求竞聘相应岗位。

　　三、职员。专业和行政管理人员实行职员聘任制，职员设高级岗（分3等）、中级岗（分3等）、初级岗（分3等）和普通职员岗4类，单位公布各部门职员岗位设置情况和岗位职责，职工可根据自己的能力和需求竞聘相应岗位。

　　四、工勤人员。工勤人员实行合同制，积极推行企业化管理和定额承包，逐步与单位脱钩，最终向社会化服务转变。五、新进毕业生。本着新人新办法的原则，从2001年开始，对新分配的应届毕业生实行人事代理。干部人事制度改革为疾控中心事业发展注入了活力，机构设置和人才队伍趋于优化。以疾控中心综合试点单位流研所和艾滋病中心为例，改革前后相比，科室合并19个，新增6个；单位党政领导干部平均年龄下降了5.29岁，科室领导的平均年龄下降了5.51岁，知识结构发生了明显的改变，硕士以上学历人员的比例由28.57%上升为36.84%；艾滋病中心从外单位来竞聘上岗的科室领导共有4名，占40%，专业技术人员和职员的比例由改革前的2.35：1调整为1.64：1，两个试点单位人员队伍整体能力大大提高；工勤人员精简、高效，艾滋病中心仅有1名，流研所后勤管理尝试独立核算，逐步实现社会化。2001年全中心所有51名新进学生都实行了人事代理。