上海市卫生和财政部门联合出台了“医院药品收支两条线”管理实施办法。办法规定，药品收支结余上交卫生行政部门，统一缴存财政部门开设的社会保障基金专户，由卫生行政部门和财政部门按规定考核后统筹安排，合理返还。农村乡镇卫生院以及药品收入占业务收入比例在30％以下的医院，暂不执行该办法。办法规定，全市医院药品收支两条线实行市与区县两级管理，市卫生局和市财政局负责中央在沪医院、市级医院、医学院校附属医院，以及工业和其他部门办的医院、部队和武警医院对社会开放部分的药品收支两条线管理；区县卫生局和财政局负责所属医院的药品收支两条线管理。办法还规定，市卫生局每年年初根据全市汇总的上年医院会计报表，计算全市医院平均药品收支结余率，确定当年药品收入上交比例，并予以公布。各医院药品收支结余上交金额，按公布的全市统一药品收入上交比例计算。医院药品收支结余按季上交，各医院必须在每季度结束后10日内，将应交的药品收支结余金额上交市和区县卫生局指定的银行专户；市和区县卫生局在每季度结束后12日内，缴存同级财政部门设立的社会保障基金专户。该市规定，医院上交的药品收支结余主要用于弥补医院的医疗成本和医院建设，以及社区卫生服务和预防保健事业。